De Koninklijke Federatie van Landelijke Rijverenigingen en Ponyclubs (KNF) was begin jaren '60 op zoek was naar een opvolger voor de aftreden voorzitter P.K. Kistemaker. Het oog van het bestuur viel op Jonkheer Cees van Eysinga. Een deputatie bestaande uit Piet Voorsluys, Derk Jans Mellema, Wout Hamoen en dhr. De Jongh-de Leeuw ging op bezoek in Sint Nicolaasga en kreeg een aarzelend 'Ja' te horen. Aarzelend, omdat Eysinga als predikant eerst toestemming wilde vragen aan de kerkenraad of hij deze functie mocht gaan bekleden. Het antwoord was instemmend en daarop besloot van Eysinga de uitnodiging om voorzitter te worden te accepteren. Van Eysinga zou zestien jaar lang, van 1961 tot en met 1976, voorzitter van de Federatie blijven.
Jonkheer Cees van Eysinga werd in 1958 al gevraagd om lid te worden van het bestuur van de Koninklijke Vereniging het Friesch Paarden Stamboek, om in 1972 de voorzittershamer ter hand te nemen. Deze functie vervulde hij tot en met 1984. "Ik werd denk ik gevraagd om in het bestuur van dit stamboek te komen, omdat mijn oud oom en naamgenoot deze functie een halve eeuw eerder ook had bekleed. Hij had schijnbaar een goede indruk achtergelaten", relativeerde van Eysinga veertig jaar later dit verzoek.
"Ik had geen belangen in de paardensport en kon daardoor ruzies oplossen of voorkomen. Ik heb als kind een band met de paarden gekregen als we in Friesland bij mijn oom logeerden en dan de boeren ging helpen met hooien. Dan mocht ik ook mennen. Later heb ik leren paardrijden in de universiteitsmanege in Leiden. De band met de hippische topsport werd steviger toen we besloten als KFPS, ter promotie van het Friese paard, Leo Kraaijenbrink met een vierspan deel te laten nemen aan nationale en internationale wedstrijden. Ik hielp Leo met trainen en reed regelmatig de paarden voor de kar, beladen met betonplaten, om ze extra conditie te geven", vertelde Van Eysinga enkele jaren geleden toen hij werd geïnterviewd voor het blad Phryso van de KFPS.
In het boek 'De Kroon op het Werk', dat verscheen in 2002 toen de KNF fuseerde met de NHS waarmee de basis werd gelegd voor de KNHS, zegt Van Eysinga. "Het boeiendste wat ik als voorzitter van de Federatie heb meegemaakt was de verhuizing van Oud Leusden naar Ermelo", en even verderop: "Mijn werk als voorzitter heb ik altijd beschouwd als een stukje open jeugdwerk. Jongeren leerden bij de Federatie verenigingsdiscipline en wellevendheid. Het achttalrijden, het wachten op de parade, het salueren en het Wilhelmus droegen bij aan het behouden van stijl".
Naast het voorzitterschap van het KFPS en de Federatie was Jonkheer Cees van Eysinga ook kamerheer van Koningin Juliana en Koningin Beatrix. Prinses Beatrix inspecteerde te paard in 1961 tijdens het 35-jarig bestaan van de Federatie de landelijke ruiters, die in linie na de parade opgesteld stond, vergezeld door een eveneens te paard zittende Jonkheer Cees van Eysinga.